Archiwum Andrzeja Wajdy, będące od 2011 roku integralną częścią kolekcji Muzeum Manggha, to spuścizna posiadająca unikalne znaczenie przynajmniej z trzech powodów.
Po pierwsze dlatego, że jej zbiory ogniskują się wokół osoby, której dorobek artystyczny posiada niepodważalnie wybitny charakter. Następnie ze względu na wartość i znaczenie zgromadzonych w niej materiałów archiwalnych, wreszcie historia gromadzenia i sposób uporządkowania zbiorów będący autorskim pomysłem samego twórcy.
Archiwum zostało usystematyzowane według kolejnych „projektów” realizowanych przez Andrzeja Wajdę. Chodzi tu zarówno o projekty artystyczne Mistrza (filmy, spektakle teatralne, wystawy itp.), jak też edukacyjne (np. Mistrzowska Szkoła Reżyserii Filmowej), obywatelskie (np. związane z powołaniem Fundacji Kyoto–Kraków i budową Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha w Krakowie, Pawilonu Wyspiańskiego czy Szkoły Języka Japońskiego w Krakowie), a także aktywność społeczno-polityczną (NSZZ „Solidarność”, Senat RP, Stowarzyszenie Filmowców Polskich itp.).
Na każdy z opisanych powyżej projektów składają się między innymi:
- scenariusze (niejednokrotnie w kilku wersjach),
- scenorysy i szkice,
- wydawnictwa stanowiące materiał literacki do filmu, przedstawienia (literatura piękna, fachowa literatura przedmiotu itp.),
- korespondencja Andrzeja Wajdy (prywatna i oficjalna),
- zaproszenia, programy teatralne, plakaty, fotosy i zdjęcia,
- katalogi wystaw,
- w przypadku realizacji filmowych i teatralnych: materiały audio i video (na kasetach VHS i płytach DVD – w tym wersje obcojęzyczne – a w przypadku muzyki – na płytach winylowych bądź CD),
- rekwizyty i kostiumy filmowe i teatralne.
Ponadto Archiwum zawiera obszerną bibliotekę, na którą składają się wydawnictwa w języku polskim i publikacje obcojęzyczne. Do grupy tej można także zaliczyć prace magisterskie i doktorskie o tematyce związanej z twórczością reżysera. Bogaty materiał stanowi także grupa archiwaliów związanych z nagrodami i wyróżnieniami przyznanymi Andrzejowi Wajdzie (korespondencja, telegramy, listy gratulacyjne, laudacje związane z przyznaniem doktoratów honoris causa itp.) oraz dokumenty prywatne (notatniki, kalendarze kieszonkowe itp.).